En octubre de 1966, y con motivo de la celebración en Buenos Aires del IV Congreso Internacional de Historia de América, se organizó en su seno una Primera Reunión de Historiadores del Derecho Indiano promovida por los profesores Ricardo Zorraquín Becú (Argentina), Alamiro de Ávila Martel (Chile) y Alfonso García Gallo (España). En la misma, dichos profesores acordaron crear una asociación internacional que, bajo la denominación de Instituto Internacional de Historia del Derecho Indiano, tuviera como finalidad fomentar el estudio de dicha disciplina. Para conseguirlo se proyectó la celebración periódica de congresos en los que se darían a conocer las investigaciones de los miembros integrantes de la entidad.
Desde esa fecha hasta la actualidad el Instituto ha dado muestras de una ininterrumpida vitalidad y crecimiento que ha superado las previsiones iniciales del proyecto. Entre los parámetros que así lo demuestran figuran los relativos a su actividad científica, número de miembros incorporados e, incluso, los cambios experimentados en su propio organigrama organizativo.
En cuanto a la actividad científica, la misma se ha llevado a cabo, tal y como desde el principio estaba previsto, mediante la regular celebración de congresos. A este respecto han tenido lugar ya dieciocho reuniones, estando todas sus actas publicadas. Ocupan las mismas treinta y cuatro volúmenes que engloban más de veintiuna mil doscientas páginas de investigación científica sobre la materia iusindianista.
Paralelamente a toda esta voluminosa aportación científica no ha sido menos significativo el incremento operado en el número de sus miembros. De los primeros veintiún componentes, que con carácter de fundadores había en 1966, se pasó ya en1972 (III Congreso) a la cifra de cuarenta y cuatro, y en 1997 (X Congreso) a 97, totalizándose en la actualidad la cifra de algo más de ciento cincuenta miembros. La diversa procedencia de sus miembros (Alemania, Argentina, Chile, Ecuador, España. Estados Unidos, Italia, México, Nicaragua, Paraguay, Perú, Uruguay, y Venezuela) es demostrativa del amplio ámbito geográfico al que se ha extendido el interés por la institución.
Asimismo, y conjuntamente con toda esta dinámica evolutiva, el Instituto ha conocido también una continuada reestructuración organizativa. En principio, la organización inicial fue ya delineada en el Acta Fundacional de 1966 donde tan sólo se contemplaban dos órganos básicos: el Consejo Directivo (integrado conjuntamente por los tres fundadores) y la Secretaría. Pero en el V Congreso de 1978 (Ecuador) se aprobó un Reglamento que contenía una estructuración más compleja: se mantuvo el Consejo Directivo y la Secretaría pero se añadió un Consejo Adjunto (integrado por diez miembros) y se precisaron más las funciones de la Asamblea General. Este reglamento, a su vez, fue nuevamente modificado en el X Congreso de 1992, suprimiéndose el Consejo Adjunto y estableciéndose junto al Consejo Directivo un Consejo Ejecutivo. La actual conformación reglamentaria del Instituto quedó establecida en el XI Congreso de Buenos Aires (1995) al suprimirse el Consejo Directivo y dejar como único órgano responsable al Consejo Ejecutivo.
En la actualidad, el Instituto, prosigue su andadura científica intentando conciliar la esencia de los principios que presidieron su nacimiento con la flexible incorporación de los novedosos cambios que de forma continuada se plantean en el ámbito del Derecho Indiano.